Les Journées de Tam Dao

À propos de Marc Choisy

Email Marc Choisy

Courriel : marc.choisy@ird.fr

TITRE ET DIPLOMES

  • 2004 : Thèse de doctorat en biologie intégrative, université Montpellier, félicitations du jury.
  • 2001 : DEA en bio-statistiques, Université Montpellier.
  • 2000 : DEA en écologie et évolution, Université Montpellier.
  • 2000 : MSc. en agronomie, ENSA, Montpellier.
  • 2000 : Diplôme d’ingénieur agronome, ENSA, Montpellier.

SITUATION PROFESSIONNELLE

  • Chargé de recherche à l’Institut de Recherche pour le Développement depuis 2007. Programme de recherche sur la dynamique spatiale de la dengue en Asie du Sud-Est et ses conséquences pour un contrôle efficace, mené en partenariat avec l’université de Pittsburgh, l’université d’Oxford et l’Institut Pasteur de Hanoi (NIHE).

RESUME DES TRAVAUX

Je m’intéresse à l’écologie et à l’évolution des maladies infectieuses. Ceci consiste à appliquer des concepts et méthodes issus des sciences de l’écologie et de l’évolution à l’étude des maladies infectieuses. C’est une approche relativement nouvelle et complémentaire des approches de l’épidémiologie classique. Mon approche a une forte composante théorique, faisant appel à la modélisation mathématique, informatique et statistique. Depuis mon recrutement à l’IRD, je m’attache particulièrement à développer des modèles en s’appuyant le plus possible sur des données réelles. Ceci permet de faire des prédictions quantitatives d’assez bonne qualité. Parmi les questions qui m’intéressent particulièrement :

  • l’étude de la saisonnalité des maladies infectieuses. Ceci consiste d’une part à la caractériser et d’autre part à la comprendre. Comprendre la saisonnalité est d’importance en termes de prédiction et d’anticipation des épidémies. Les facteurs démographiques (natalité en particulier) et climatiques sont des facteurs très influents de la saisonnalité. Les politiques de contrôle également et plusieurs de ces facteurs peuvent interagir et influencer la saisonnalité de façon complexe ;
  • la dynamique spatiale des maladies infectieuses. Les populations humaines sont relativement bien structurées dans l’espace et les maladies se déplacent au sein de et entre ces populations. Je cherche ici à comprendre comment les maladies se déplacent et à identifier les facteurs contrôlant ces déplacements. Un des résultats majeurs en dynamique des métapopulations est que la dynamique spatiale peut influencer grandement la persistance globale. L’idée est ici de trouver des politiques de contrôle efficaces qui tiennent compte explicitement de la dynamique spatiale ;
  • les interactions entre maladies infectieuses. Les populations humaines sont communément affectées par plusieurs maladies, créant des épidémies soit synchrones, soit successives. L’idée ici est d’explorer si les maladies peuvent interagir entre elles et, si oui, d’en identifier les mécanismes qui peuvent être soit immunologiques, soit comportementaux (e.g. convalescence, quarantaine, calendrier scolaire, etc.), soit environnementaux (e.g. climatiques). Comprendre les interactions entre maladies infectieuses est d’importance dans une optique de contrôle : on veut s’assurer par exemple qu’un contrôle contre une maladie A ne favorise pas une maladie B.

Mon travail de recherche utilise les maladies infectieuses humaines pour explorer des questions générales fondamentales en écologie. Les maladies infectieuses humaines sont un bon modèle biologique du fait de l’abondance des données disponibles. Par ailleurs, les résultats de mes travaux ont tous des applications très concrètes en épidémiologie. Pour mener ces travaux, je suis basé à l’Institut Pasteur de Hanoi (NIHE) et à l’Oxford University Clinical Research Unit (OUCRU) de Hanoi depuis 2012. J’enseigne l’épidémiologie moléculaire à l’USTH et encadre actuellement deux étudiants de thèse vietnamiens (un troisième à soutenu sa thèse en 2014).

Sélection de publications récentes (toutes sur marcchoisy.free.fr/publ.html)

Revues scientifiques internationales indexées, à comité de lecture

  • TRANG N.V., CHOISY, NAKAGOMI T., CHINH N.T.M., DOAN Y.H., YAMASHIRO T., BRYANT J.E., NAKAGOMI O. & ANH D.D. (2015) Determination of cut-off cycle threshold values in routine RT-PCR assays to assist differential diagnosis of norovirus in children hospitalized for acute gastroenteritis. Epidemiology & Infection, In Press.
  • HOA L.N.M., BRYANT J.E., CHOISY M., NGUYET L.A., BAO N.T., TRANG N.H., CHUC N.T.K., TOAN T.K., SAITO T., TAKEMAE N., HORBY P.W., WERTHEIM H.F.L. & FOX A. (2015) Population susceptibility to a variant swine-origin influenza virus A/H3N2 in Vietnam, 2011-2012. Epidemiology & Infection, In Press.
  • CHOISY M. & DE ROODE J.C. (2014) The ecology and evolution of animal medication: genetically fixed response versus phenotypic plasticity. The American Naturalist 184 (Suppl. 1): S31-46.
  • KOUOKAM E., ZUCKER J.-D., FONDJO F. & CHOISY M. (2013) Disease control in an age-structured population. ISRN Epidemiology 2013: 703230. NGUYỄN T.V.A., CHOISY M., NGUYỄN D.H., TRẤN T.H.T., PHẠM K.L.T., ĐINH P.T.T., PHILIPPE J., NGUYỄN T.S., HỒ M.L., TRẦN S.V., BAÑULS A.-L. & ĐĂNG D.A. (2012) High prevalence of Beijing and EAI4-VNM genotypes among M. tuberculosis isolates in northern Vietnam: sampling effect, rural and urban disparities. PLoS ONE 7 (9): e45553.
  • CHOISY M. & ROHANI P. (2012) Changing spatial epidemiology of pertussis in continental USA. Proc. R. Soc. B 279 (1747): 4574-4581.
  • CHOISY M. & DE ROODE J.C. (2010) Mixed infections and the evolution of virulence: effects of resource competition, parasite plasticity and impaired host immunity. The American Naturalist 175 (5): E105-E118.

Chapitres d’ouvrages

  • CHOISY M., SITBOULANG P., VONGPANHYA M., SAIYAVONG C., KHAMPHAPHONGPHANH B., PHOMMASACK B., QUET F., BUISSON Y. ZUCKER J.D. & VAN PAHUIS W.G. (2015) Rescuing public health data. In Environmental Changes and Infectious Diseases in Asia. (MORAND S., DUJARDIN J.P., LEFAIT-ROBIN R. & APIWATHNASORN C. eds), Springer, Singapore.
  • CHOISY M. (2015) Origine et évolution du VIH. In Santé, Médecine et Sciences de l'Évolution : les Maladies Infectieuses. (VITTECOQ M., PRUGNOLLE F., ROCHE B., RENAUD F. & THOMAS F. eds), De Boeck Solal, Bruxelles, Belgique. Pp. 35-46.
  • CHOISY M. (2010) Modélisation mathématique en épidémiologie. In Écologie de la santé et conservation. (GAUTHIER-CLERC M. & THOMAS F. eds), De Boeck Université, Bruxelles, Belgique. Pp. 159-182.
  • CHOISY M. & CAZELLES B. (2008) Conséquences des dynamiques épidémiques en santé publique : Rôle des modèles mathématiques. In Introduction à l'Épidémiologie Intégrative des maladies infectieuses et parasitaires. (GUÉGAN J.F. & CHOISY M. eds), De Boeck Université, Bruxelles, Belgique. Pp. 3-40.
  • CHOISY M., GUÉGAN J.-F. & ROHANI P. (2007) Mathematical modeling of infectious disease dynamics. In Encyclopedia of Infectious Diseases - Modern Methods (TIBAYRENC M. ed), John Wiley and Sons, Chichester, USA. Pp. 379-404.

Ouvrage

  • GUÉGAN J.-F. & CHOISY M. (2008) Introduction à l'épidémiologie intégrative des maladies infectieuses et parasitaires. De Boeck Université, 552 Pp.

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